Die Anlage von Burgen und eine planmäßige deutsche Besiedlung folgte. Der Orden setzte im Frühjahr 1231 über die Weichsel, gründete die Burg Thorn, folgte dem Fluss über Kulm im Jahre 1232, über Marienwerder im Jahre 1233 bis zur Abzweigung der Nogat. Er folgte dann der Nogat bis zum Haff und errichtete 1237 die Burg Elbing, 1239 die Burg Balga und 1241 die Burg Braunsberg. Von dieser Burgenlinie aus stieß der Orden in das Innere des Landes vor und eroberte die fünf prußischen Gaue Pomesanien, Pogesanien, Ermland, Natangen und Barten. Nach einem Prußenaufstand 1243 und nach mehrjährigen Kämpfen kam im Februar 1249 der Friede von Christburg zustande, in dem die pomesanischen Prußen Vertragspartner des Ordens waren und gegen die Verpflichtung, sich zum Christentum zu bekennen und die Herrschaft des Ordens anzuerkennen, alle persönlichen Rechte erhielten.

Im Jahre 1255 wurde die Burg Königsberg als „castrum de Coningsberg“ gegründet, die ihren Namen zu Ehren des Königs von Böhmen, Ottokar II., erhielt, der im selben Jahr ein böhmisches Kreuzheer nach Preußen geführt und das Samland unterworfen hatte. In den 70er Jahren befriedete der Orden die Randlandschaften Schalauen, Nadrauen und Sudauen. Im Jahre 1283 kamen die Eroberungen zu einem Ende. Der Orden hatte nun die Aufgabe, das Erworbene zu sichern und einen Staat aufzubauen.
Zu diesem Thema schreibt Maschke in: "Der Deutsche Orden und die Preußen", Seite 16: Der Kampf und die Methode der Bekehrung war oft grausem. Mit Gewalt und Schrecken zwang der Orden den Preußen die neue Religion auf und scheute selbst List und Betrug nicht. Der Feldzug glich einem Vernichtungskrieg. Wie ein Schema durchzog es die Geschichte der Ordenskämpfe. Mit den eigenen Leuten, den Kreuzfahrern, den Kolonisten und den Neubekehrten fielen sie in die heidnischen Gebiete ein und belagerten die Burgen. Es wurde geraubt, was des Raubes wert war, Hütten und erobertes Festungswerk verbrannt, die Männer erschlagen, Frauen und Kinder als Gefangene mitgeführt, bis jeder Widerstand gebrochen war."

Die Christianisierung des Prußenlandes durch den Deutschen Orden war kein isoliertes Unternehmen, schon gar nicht der Vollzug einer national-deutschen Aggression. Während die Skandinavier Finnland missionierten, taten die Dänen dies in Estland, Bremen engagierte sich in Riga, und der Schwertbrüderorden wurde in Livland eingesetzt. An der Eroberung und an den folgenden Kämpfen gegen die Litauer beteiligten sich Fürsten, Ritter und Kreuzfahrer aus vielen europäischen Völkern. Daß eine vollständige Ausrottung der Prußen nicht erfolgt ist, beweisen Urkunden, aus denen sich die Einsetzung von Prußen in Hofstellen ergibt. Belegt wird dies auch durch die Vielzahl von prußischen Orts- und Personennamen und die Tatsache, dass sich die prußische Sprache bis in das 17. Jahrhundert erhalten hat. Noch zur Zeit Herzog Albrechts, Anfang des 16. Jahrhunderts, sah man sich genötigt, den lutherischen Katechismus in die prußische Sprache zu übersetzen.

Nicht allein das Schwert, sondern auch die kolonisatorische Kraft des Ordens führte zu einem großen Aufschwung des Landes. Besondere Begünstigungen - kostenlose Zuweisung von Land, Saatgut und Vieh, längerfristiger Steuererlaß sowie Befreiung von Hand- und Spanndiensten gegenüber den Adels- und Klostergütern - lockten viele Bauern und Bürger zum Siedeln in den neugewonnenen Nordosten; Kolonisten aus den Hansestädten und vom Niederrhein, Siedler aus der nordostdeutschen und ostmitteldeutschen Landschaft verleihen dem Prußenland oder Preußenland allmählich sein deutsches Gepräge. Bis zum Ende des 14. Jahrhunderts wurden im Ordensland etwa 1400 Dörfer und 97 Städte gegründet. Die Städte an der Küste erhielten Lübisches und die im Inland Magdeburgisches Recht während die Bauern mit einer freien Gemeindeverwaltung nach Kulmer Recht ausgestattet wurden.